Извините, что формулировка вышла путаной — попробую проще. Сдача квартиры в аренду и уплата налога как самозанятый — это отдельная история. Она не влияет на продажу. Продажа жилой недвижимости вообще не подпадает под налог на профессиональный доход (п. 2 ч. 2 ст. 6 Закона № 422-ФЗ). Поэтому ваша уплата НПД с аренды никак не мешает получить освобождение от НДФЛ при продаже — если срок владения достаточный. Минфин это тоже подтверждал в своих разъяснениях. То есть: аренда — это НПД, продажа — это НДФЛ, и они не пересекаются. Главное для продажи — сколько лет квартира была у вас в собственности. Если скажете, какой у вас срок владения и была ли квартира единственным жильём, — подскажу, как лучше поступить в вашей ситуации.