Здравствуйте Ольга

Индексировать зарплату следует тем сотрудникам которым задержана выплата заработной платы.

Если речь идет о каком-то повышении, тогда да, могут быть установлены разные категории работников.

Читайте, что у вас по этому поводу прописано в локальных актах, коллективом договоре и трудовом договоре. Порядок, сроки, размер и т.п. должны быть прописаны там.